MATERI FARMAKOFOR RAPID
FARMAKOFOR
Defenisi
farmakofor
Farmakofor adalah
deskripsi abstrak dari fitur molekuler yang diperlukan untuk pengenalan
molekuler ligan oleh makromolekul biologis. IUPAC mendefinisikan farmakofor
sebagai "sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang diperlukan untuk
memastikan interaksi supramolekul optimal dengan target biologis spesifik dan
untuk memicu (atau menghalangi) respons biologisnya". Model farmakofor
menjelaskan bagaimana ligan struktural yang beragam dapat berikatan dengan
situs reseptor yang umum. Selanjutnya, model farmakophore dapat digunakan untuk
mengidentifikasi melalui desain de novo atau ligan novel skrining virtual yang
akan mengikat reseptor yang sama.
Farmakofor
merupakan susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang
memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan
bertanggung jawab dengan respon biologis
karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.
Fungsi farmakofor:
1. Mendifinisikan gugus penting yang berikatan dengan
reseptor
2. Menentukan struktur 3 dimensi dari suatu molekul
3. Untuk mengetahui komformasi aktif
4. Penting untuk desain Obat
5. Penting untuk menemukan obat baru.
Identifikasi Farmakofor
1.
Menentukan gugus molekul yang akan berikatan dengan reseptor
2.
Menentukan
posisi relatif dari kelompok pengikat obat dengan reseptor
3.
Perlu
diketahui konformasi aktif dari molekul obat.
4.
Penting
untuk desain obat
5.
Penting
untuk penemuan obat
Ada
beberapa ikatan yang dapat di identifikasi berdasarkan struktur 3 dimensi suatu
molekul yaitu:
Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan
antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang
bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet
lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi
dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan
kovalennya dalam satu molekul
Contoh : H2O
Ikatan Kovalen
Ikatan kovalen terbentuk
bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama.
Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata
kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada
suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh
katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen
menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk
tujuan pengobatan tertentu.
Ikatan Van Der Waal’s
Ikatan van der waal’s merupakan
kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan
letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat
kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil
penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna
terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van
der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar
reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau
reseptor.
Ikatan ion
Ikatan ion adalah ikatan yag
dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya
berlawanan.
Kekuatan tarik-menarik akan makin
berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding
terbalik dengan jaraknya.
DAFTAR PUSTAKA
Wermuth CG, Ganellin CR, Lindberg P, Mitscher LA
(1998). "Glossary of terms used in medicinal chemistry (IUPAC
Recommendations 1998)". Pure and Applied Chemistry. 70 (5):
1129–1143.doi:10.1351/pac199870051129.
Madsen U, Bräuner-Osborne H,
Greenwood JR, Johansen TN, Krogsgaard-Larsen P, Liljefors T, Nielsen M, Frølund
B (2005). "GABA and Glutamate receptor ligands and their therapeutic
potential in CNS disorders". In Gad SC. Drug Discovery Handbook. Hoboken,
N.J: Wiley-Interscience/J. Wiley. pp. 797–907. ISBN 0-471-21384-5.
Pertanyaan:
1. Bagaimana cara mengidentifikasi farmakofor tersebut?
2. Bagaimana cara menentukan ikatan antara gugus dengan molekul obat?
3. Bagaimana Farmakofor dari reseptor yang berinteraksi dengan molekul
obat?
4. Bagaimana cara mendesain suatu obat baru dari suatu senyawa yang sudah
di ketahui kegunaanya?
5. Apa hubungan antara konformasi aktif
yang stabil dengan struktur 3 dimensi farmakofor?
Hai naurah. Artikel yang sangat bermanfaat. saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1.
BalasHapusKita dapat melakukan identifikasi farmakofor dengan melihat ikatan yang dihasilkan dari zat aktif suatu obat, apakah ikatan yang dihasilkan tersebut termasuk ke dalam ikatan kovalen, ikatan hidrogen, ikatan ion, atau ikatan van der waal.
Saya setuju dengan jawaban yang diberikan oleh kak widya,, dimana untuk mengidentifikasi farmakofor itu dapat dilakukan dengan cara mengamati struktur dari zat aktif nya kemudian ditentukanlah ikatan yang terbentuk antara senyawa dan reseptor.
Hapustrimakasih atas jawabannya widya dan kurnia, sangat membantu saya.
HapusHai kak Naura saya coba bantu jawab pertanyaan nomor 3 berdasarkan jurnal yang saya baca interaksi antara suatu ligan farmakofor dengan protein obat dg menggunakan metode molecular docking yang merupakan metode berbasis genetika yang dapat digunakan untuk mencari pola interaksi yang paling tepat dan melibatkan antara dua molekul, yaitu reseptor dan
BalasHapusligan. Ligan sendiri merupakan molekul sinyal kecil yang terlibat dalam kedua proses anorganik dan biokimia.
Molecular docking bertujuan meniru peristiwa interaksi
suatu molekul ligan dengan protein yang menjadi targetnya
pada uji in-vitro . Molecular docking dapat diklasifikasikan
menjadi 3 berdasarkan fleksibilitas molekul yaitu Rigid
Docking (bersifat rigid/kaku), semi-fleksible docking (bersifat semi fleksibel) dan fleksible docking (bersifat fleksibel). Tujuan dari docking adalah untuk mencapai konformasi protein dan ligan yang optimal. Docking membantu dalam mempelajari obat / ligan atau interaksi reseptor / protein dengan mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada protein, mendapatkan geometri terbaik dari kompleks ligan – reseptor.
Docking menjadi dasar untuk penemuan obat secara simulasi komputasi. Langkah pertama dari desain obat dibantu Komputer adalah menemukan situs pengikatan ligan protein, yang merupakan kantong atau celah pada permukaan protein
yang digunakan untuk mengikat ligan (obat terlarang).
Dengan peningkatan jumlah struktur biologi molekul yang
tersedia, pendekatan docking telah menjadi alat yang sangat
penting dan berguna dalam penemuan obat rasional berbasis struktur dan desain. Untuk reseptor protein dengan struktur tiga dimensi yang dikenal, masalahnya docking ligan-protein
pada dasarnya terdiri dalam memprediksi konformasi terikat ligan molekul dalam situs aktif protein.
Semoga bermanfaat
Hi dyah. trimakasih jwabannya sangat membantu. Kalau untuk mekanisme kerja dr molecular docking ini bagaimana ya dyah??
Hapusassalamualaikum saya akan menjawab pertanyaan dari no 5 Bagaimana cara mendesain suatu obat baru dari suatu senyawa yang sudah di ketahui kegunaanya?
BalasHapusDesain obat dapat dibagi menjadi 2 kategori, langsung dan tidak langsung. Pendekatan langsung (Direct Approach) menguntungkan dari segi pengetahuan tentang struktur atom dari reseptor obat dan memegang peranan penting dalam penelitian di bidang farmasi. Pendekatan tidak langsung (Indirect Approach) merupakan pendekatan yang diterapkan program penelitian kimia medicinal pada umumnya, dimana tidak ada informasi secara terstrukur tentang reseptor target. Kedua pendekatan tersebut meliputi optimalisasi suatu senyawa penuntun atau senyawa-senyawa hasil sintesis dari molekul baru
Metode komputasi memberikan dukungan yang sangat penting terhadap kedua pendekatan tersebut. Beberapa perangkat spesifik untuk desain obat secara langsung mencoba menghasilkan desain de novo untuk molekul-molekul dengan terhadap reseptor tertentu berdasarkan struktur reseptor tersebut. Perkembangan sekarang termasuk mencoba untuk membentuk molekul dengan suatu bagian yang aktif dan keberhasilan metode penelusuran data base 3D dari Desjarlanis dkk. Pendekatan-pendekatan yang paling berarti dalam lingkup desain obat secara tidak langsung didasarkan penggunaan metode statistic terhadap desain seri molekul-molekul untuk sintesis dan analisis HKSA dalam hal data yang berkaitan dengan obat.
Suatu pendekatan yang sempurna awalnya dikembangkan di Marshall’s Laboratory di St. Louis, yakni membuat model-model tiga dimensi dari ikatan reseptor dengan obat dengan membandingkan afinitas terhadap suatu reseptor yang sama dari beberapa molekul yang berbeda berdasarkan struktur molekul-molekul tersebut. Model-model tersebut merupakan dasar untuk kajian COMFA (Comparative molecular field analysis), yang mengijinkan para desainer obat untuk memprediksi aktivitas molekul-molekul hipotesis berdasarkan data 3D ligan-ligan terhadap suatu reseptor dengan struktur yang tidak diketahui dan penelusuran data base 3D terhadap senyawa penuntun.
waalaikumslam, trimakasih atas jawabannya. sangat bermanfaat untuk sya pribadi dan smga bermanfaat juga untuk oranglain
HapusHay kakaka,, artikelnya sangat bagus sekali, dan sangat mudah dipahami..terimakasih
BalasHapusApa kelebihan metode rapid dia bandingkan dengan metode lainnya?
trimakasih lexa. menurut saya kelebihan farmakofor sendiri dibandingkan dengan metoda lain itu adalah pengerjaan nya dengan sistem komputerisasi sehingga waktu yang digunakan lebih singkat dan dapat meminimalisasikan efek samping dari obat yang dibentuk. maaf kalau jawabannya masih kurang jelas
HapusHai kak nau, tulisannya sangat bermanfaat. Mau nanya dong kak hal-hal apa saja sih yang harus diperhatikan dalam penggunaan metode rapid ini?
BalasHapusTrimakasih karin
Hapushai naura saya akan menjawab pertanyaan no. 5, yaitu langkah - langkah dalam mendesain obat baru adalah :
BalasHapus1. Mencari senyawa penuntun (lead compound)
2. Manipulasi molekul (modifikasi molekul atau modifikasi struktur)
3. Merumuskan hubungan kuantitatif sementara antara strktur-aktivitas biologis dari senyawa yang jumlahnya terbatas dengan menggunakan statistik analisis regresi.
4. 4. Hasil analisis regresi kemudian dievaluasi dan merancang sejenisnya untuk mengembangkan dan menyempurnakan hubungan tersebut
5. Merancang penggunaan bentuk sediaan obat yang sesuai.
6. Merancang aturan dosis yang sesuai
7. Evaluasi Klinik
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
Hapustrimakasih kk penjelasannya. kalau kita sudah mengetahui kegunaan dari senyawa tersebut bagaimna kk, apakah kita harus melakukan langkah diatas semua?
HapusBantu jawab ya naura, menurut mega dgn kita mengikuti langkah2 yg telah di paparkan tersebut insyaAllah proses mengindentifikasi suatu senyawa obat dpt berhasil di lakukan,
HapusTrimakasih mega jwabannya.
HapusHay naura mau nanya nih,menurut anda metode farmakofor itu sendiri seprti apa?
BalasHapusMetode farmakofor itu sendiri dapat dilihat dg ikatan yang dihasilkan dari zat aktif suatu obat, apakah ikatan yang dihasilkan tersebut termasuk ke dalam ikatan kovalen, ikatan hidrogen, ikatan ion, atau ikatan van der waal.
HapusHai nau saya akan coba menjawab no 1
BalasHapusKita dapat melakukan identifikasi farmakofor dengan melihat ikatan yang dihasilkan dari zat aktif suatu obat, apakah ikatan yang dihasilkan tersebut termasuk ke dalam ikatan kovalen, ikatan hidrogen, ikatan ion, atau ikatan van der waal.
Makasih kk jwabannya
HapusBagaimana kita melihat ikatan yg dihasilkan suatu obat? Sehingga kita dapat menentukan ikatan apa yg terbentuk.
HapusHalo naurah
BalasHapusPenjelasannya sangat membantu
Terimakasih :)
Sama sama eugenia
HapusMaterinya sangat bermanfaat.
BalasHapusTerimakasih kak.
Iya,sama2 smga bisa sharing materi yg lainnya
HapusSangat membantu untuk orang yang belum mengetahuinya, teruskan sharing hal lainnya semoga kita ini mendapatkan ilmu yang bermanfaat.
BalasHapusTrimakasih kak,iyaa smga bsa shating2 lagi d materi yg lain
HapusJawaban no 2
BalasHapusIdentifikasi Farmakofor
1. Menentukan ikatan antara gugus dengan molekul obat (3 Dimensi)
2. Konformasi aktif suatu molekul
3. Gugus molekul yang akan berikatan dengan reseptor
4. Penting untuk desain obat
5. Penting untuk penemuan obat
Trimakasih jwabannya kk
HapusYang saya tanyakan bagaimana mengidentifikasinya,bukan peranan dr identifikasinya kk.
HapusDy akan jawab pertanyaan no 2. Interkasi molekul obat dengan gugus fungsional molekul reseptor merupakan respons biologis karena kekuatan ikatan kimia tertentu. Tipe ikatan kimia yang terlibat dalam interaksi obat reseptor antara lain adalah ikatan-ikatan kovalen, ion-ion yang saling memperkuat (reinforce ions), ion (elektrostatik), hidrogen, ion-dipol, dipol-dipol, van der Waal’s, ikatan hidrofob dan transfer muatan.
BalasHapusTrimakasih jwabannya kk
Hapushay naura, artikel anda menarik sekali
BalasHapussaya ingin bertanya, apakah obat dengan efek yg sama maka farmakofor ya juga sama ?
terimakasih
Iyaa sindy trimakasih,menurut saya klw obatnya mempunyai efek yg sama maka farmakofor nya juga sama.
HapusKmi melengkapi jawaban kmi sindy, jika farmakofor nya sama ada kemungkinan aktivitas obat yang dimiliki sama tetapi keefektivannya biasanya berbeda
HapusDsini dpt sya smpulkan identitas farmakofor yang sama akan menghasilkan efek yang sama. Lalu yg keefektivannya berbeda itu bisa jadi karena gugus lain yang mengikat gugus farmakofor nya itu .
HapusHaii kk akan mencoba menjawab pertanyaan yaitu
BalasHapusnomor 1 adalah
1. Mendefinisikan kelompok-kelompok penting yang terlibat dalam pengikatan
2. Mendefinisikan posisi relatif dari kelompok pengikat
3. Perlu diketahui konformasi aktif
4. Penting untuk mendesain dari suatu obat
5. Penting untuk penemuan obat
Poin pertama mengidentifikasi kelompok yg penting,nah utk mengidentifikasi berarti ada tahap sblumnya dan dengan metode apa mengidentifikasi kelompok penting tersebut?
HapusHaii kk akan mencoba menjawab pertanyaan yaitu
BalasHapusnomor 1 adalah
1. Mendefinisikan kelompok-kelompok penting yang terlibat dalam pengikatan
2. Mendefinisikan posisi relatif dari kelompok pengikat
3. Perlu diketahui konformasi aktif
4. Penting untuk mendesain dari suatu obat
5. Penting untuk penemuan obat
Hay naura,,materi ny brmanfaat sekli,,menurut naura bagaimana cara pengaplikasian korformasi aktif dg drug desain?
BalasHapusTrimakasih jawabannya kk
HapusBaiklah saya mencoba menjawabnya,cara pengaplikasiannya dengan mendesain suatu obat baru dengan metode farmakofor tersebut dengan langkah yang sesuai
HapusHay naura,,materi ny brmanfaat sekli,,menurut naura bagaimana cara pengaplikasian korformasi aktif dg drug desain?
BalasHapusCara pengaplikasiannya dengan mendesain obat baru
HapusHay naura,,materi ny brmanfaat sekli,,menurut naura bagaimana cara pengaplikasian korformasi aktif dg drug desain?
BalasHapusAlhamdulillah dengan membaca artikel ini, saya bisa mengetahui bagaimana cara identifikasi farmakofor.
BalasHapusSyukurlah,sya ikut senang bisa membantu Dg sharing dsini
Hapushai naura saya akan menjawab pertanyaan no. 5, yaitu langkah - langkah dalam mendesain obat baru adalah :
BalasHapus1. Mencari senyawa penuntun (lead compound)
2. Manipulasi molekul (modifikasi molekul atau modifikasi struktur)
3. Merumuskan hubungan kuantitatif sementara antara strktur-aktivitas biologis dari senyawa yang jumlahnya terbatas dengan menggunakan statistik analisis regresi.
4. 4. Hasil analisis regresi kemudian dievaluasi dan merancang sejenisnya untuk mengembangkan dan menyempurnakan hubungan tersebut
5. Merancang penggunaan bentuk sediaan obat yang sesuai.
6. Merancang aturan dosis yang sesuai
7. Evaluasi Klinik
Trimakasih Irma jwabannya.
Hapussaya akan menjawab pertanyaan dari no 5 Bagaimana cara mendesain suatu obat baru dari suatu senyawa yang sudah di ketahui kegunaanya?
BalasHapusDesain obat dapat dibagi menjadi 2 kategori, langsung dan tidak langsung. Pendekatan langsung (Direct Approach) menguntungkan dari segi pengetahuan tentang struktur atom dari reseptor obat dan memegang peranan penting dalam penelitian di bidang farmasi. Pendekatan tidak langsung (Indirect Approach) merupakan pendekatan yang diterapkan program penelitian kimia medicinal pada umumnya, dimana tidak ada informasi secara terstrukur tentang reseptor target. Kedua pendekatan tersebut meliputi optimalisasi suatu senyawa penuntun atau senyawa-senyawa hasil sintesis dari molekul baru
Trimakasih Anggi
HapusBaiklah saya akan memberi pertanyaan yaitu apakah ikatan ion sangat penting dalam kromofor
BalasHapusIyaa,karena ikatan ion adalah slahstu ikatan yg d gunakan utk uji farmakofor
HapusBaiklah saya akan memberi pertanyaan yaitu apakah ikatan ion sangat penting dalam kromofor...?
BalasHapusSaya akan menjawab pertanyaan nomor 1 taitu dapat melakukan identifikasi farmakofor dengan melihat ikatan yang dihasilkan dari zat aktif suatu obat, apakah ikatan yang dihasilkan tersebut termasuk ke dalam ikatan kovalen, ikatan hidrogen, ikatan ion, atau ikatan van der waal.
BalasHapusTrimakasih jwabannya putri
HapusBaiklah saya akan memberi pertnyaan yaitu apakah ikatan ion sangat penting dalam kromofor..?
BalasHapusIyaaa.karena ikatan ion termasuk slahsatu uji identifikasi kromofor
HapusArtikelnya sangat membantu sekali dan bermanfaat, termakasih ya.
BalasHapusAlhamdulillah,trimakasih kembali puti
HapusHallo Naura.
BalasHapusSaya akan menjawab pertanyaan nomor 1.
Identifikasi farmakofor dapat dilakukan dengan cara mengamati struktur dari zat aktif nya kemudian ditentukanlah ikatan yang terbentuk antara senyawa dan reseptor.
Terimakasih.
Trimakasih Yustika
HapusArtikelnya sangat membantu sekali dan bermanfaat, termakasih ya.
BalasHapusSama2 Ovi. Trimakasih kembali
HapusHai naurah. Artikel yang sangat bermanfaat. saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1.
BalasHapusKita dapat melakukan iden
Trimakasih halimah
HapusPostingan nya sangat membantu terimakasih
BalasHapusTrimakasih kembali liddini
Hapusartikelnya mudah dipahami dan tampilannya menarik nih!
BalasHapusTrimakasih support positifnya dilla
HapusArtikel yang sangat bermanfaat. saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1.
BalasHapusKita dapat melakukan identifikasi farmakofor dengan melihat ikatan yang dihasilkan dari zat aktif suatu obat, apakah ikatan yang dihasilkan tersebut termasuk ke dalam ikatan kovalen, ikatan hidrogen, ikatan ion, atau ikatan van der waal.
Trimakasih lexa
HapusPostingannya sangat menarik. Terima kasih telah membantu saya dalam menyelesaikan tugas
BalasHapusSyukurlah,trimakasih kembali
Hapussaya akan menjawab pertanyaan no. 5, yaitu langkah - langkah dalam mendesain obat baru adalah :
BalasHapus1. Mencari senyawa penuntun (lead compound)
2. Manipulasi molekul (modifikasi molekul atau modifikasi struktur)
3. Merumuskan hubungan kuantitatif sementara antara strktur-aktivitas biologis dari senyawa yang jumlahnya terbatas dengan menggunakan statistik analisis regresi.
4. 4. Hasil analisis regresi kemudian dievaluasi dan merancang sejenisnya untuk mengembangkan dan menyempurnakan hubungan tersebut
5. Merancang penggunaan bentuk sediaan obat yang sesuai.
6. Merancang aturan dosis yang sesuai
7. Evaluasi Klinik